学校自20世纪80年代开始招收港澳台学生，是港澳台学生来滇学习医学的主要目标院校，至今已培养港澳台学生近200人，层次涵盖研究生、本科生和进修生，专业包括临床医学、口腔医学、法医学和护理学等。
学校港澳台侨学生毕业后有的在大陆内地安家置业，有的在大陆内地高校进行更高层次的学习。他们成为“友谊使者”,对加强两岸三地之间与生俱来的文化脐带连接，增进相互了解，弘扬中华传统文化，以及推动两岸和平发展起到了积极作用。
1.普通高等学校招收和培养香港特别行政区、澳门特别行政区及台湾地区学生的规定
2.昆明医科大学2023年依据台湾地区大学入学考试学科能力测试成绩招收台湾高中毕业生招生简章
