云南医疗改革与健康社会科学研究基地由于2007 年5月由云南省委宣传部审批后正式挂牌成立。研究基地负责人为原昆明医科大学校长李松教授，首席专家为昆明医科大学健康研究所所长方菁教授，负责基地的建设和具体管理工作。并建立了学术委员会，基地负责人，首席专家的科学管理体系，学术委员会（专家组）由7 位不同学科方向的资深专家和学术带头人组成。负责基地规划制定以及研究课题的立项、协调、督促与检查评估等工作。
研究基地立足于云南医疗改革大背景，通过组织科研项目、产出研究成果，促进基础研究和应用研究协调发展，建立知识创新机制，使该基地在多学科、跨领域进行科学研究，例如生殖健康、生态健康的整体水平居国内先进、省内领先地位，并在国际相同研究领域享有较高学术声誉，成为名副其实的省级重点研究基地。同时以研究基地为建设平台，推动云南省医疗改革与人文社会科学研究体制改革和科研工作的全面发展。
通过近十年的发展和不断探索和实践中，充分结合基地作为省级平台建设的特点与可持续发展，逐步凝练并确立了四个新的研究方向，作为指导基地建设和发展的指南，分别是：（1）生态环境与健康问题研究；（2）西南边疆多民族重大健康问题及政策研究；（3）医疗卫生改革与政策研究；（4）生殖健康服务及管理研究。
研究基地经过多年的建设发展，形成了一支结构相对优化的跨学术团队，拥有知名学术带头人，年龄与知识结构合理，富于创新，团结协作。现有专兼职人员83 人，其中，人文社科学科背景的专业人员共 36 人，占 52.1
。基地人员保持世界卫生组织和联合国人口基金会顾问2 人、国际杂志（SCI 收录）执行编委1 人、云南省中青年学科技术带头人1 名、昆明市中青年学术技术带头人2 名，省级教学名师1人，云南省政府特殊津贴专家1 人、2018 云南省千人计划青年专项1 人、2018 云南省万人计划青年拔尖1 人、云岭青年人才（千人计划）3 人；获云南省高校科技创新团队1 个、云南省高校博士导师团队建设项目1 项。
自成立以来，研究基地积极申请承担多项国家和省部级研究课题，包括：国家自然学科基金项目、国家社科基金项目、国际合作课题、省级课题等。共获得约500 万元的科研经费资助，通过创新和转化研究，取得了系列研究成果，共发表科研论文300 余篇，获得多项国家及省部级奖励。
研究基地将全面布局，不断创新，促进基础研究和应用研究协调发展，建立知识创新机制，建立涵盖自然科学与社会科学相结合并不断转化的研究体系，推动云南省医疗改革与人文社会科学研究体制改革和科研工作的全面发展。
